La stazione ferroviaria e l'Autostazione di Bologna sono le principali porte di transito da e per la città metropolitana e, allo stesso tempo, anche da e per la città storica.
Le due stazioni, fortemente connesse dal punto di vista spaziale (sono quasi una di fronte all'altra) e funzionale (mettono in movimento milioni di passeggeri ogni anno), nei prossimi anni saranno riqualificate e riconfigurate per rispondere alle mutate esigenze della città metropolitana.

Collocata su un'area di 180.000 mq, la stazione ferroviaria di Bologna è il centro nevralgico di una rete di trasporti internazionale, interessata da un movimento giornaliero di oltre 800 treni e di circa 180.000 passeggeri. Ormai in piena funzione la stazione interrata dell'Alta Velocità, attualmente sono in corso di completamento i lavori per il restyling dell'edificio storico, dove sono previsti nuovi usi commerciali, e quelli per aprire alle auto il sistema interrato di attraversamento e accesso da via Bovi Campeggi e da via Carracci.
In corso di valutazione restano i progetti per l'interramento di viale Pietramellara e Piazza Medaglie d'Oro, il completamento del piano passeggeri AV, e l'attuazione del progetto di complesso integrato di Isozaki, vincitore di un concorso nell 2008.

Dati Nuova stazione AV
> Superficie complessiva: 77.500 m²
> Investimento complessivo: € 530.000.000 (Gruppo FS Italiane)

Dati Restyiling stazione storica
> Superficie complessiva: circa 12.000 m²
> Investimento complessivo stimato: circa € 14.000.000 (Grandi Stazioni e Rete Ferroviaria Italiana)

L'Autostazione di Bologna è il luogo in cui confluiscono le linee nazionali e internazionali del trasporto pubblico su gomma, con circa 4 milioni di passeggeri all'anno.
E' stato avviato nel 2014 un percorso di riqualificazione e valorizzazione della struttura dell'autostazione con l'obiettivo di renderla un più moderno hub di scambio del trasporto passeggeri. Si prevede di rinnovare le prestazioni funzionali del terminal, di incrementare l'appetibilità dei servizi commerciali offerti all'interno dell'edificio principale (riorganizzando gli spazi e prevedendo nuove destinazioni d'uso), di riqualificare lo spazio pubblico circostante l'area con particolare attenzione agli accessi e ai percorsi pedonali, conservando e valorizzando gli aspetti architettonici di pregio della struttura.

Dati Autostazione
> Superficie utile: 16.000 m²
> Investimento complessivo stimato: circa € 8.000.000 (Autostazione Srl)

Per collegare il polo Stazione all'altro importante punto di accesso alla città, l'Aeroporto, è stata progettata una nuova navetta automatica, il People Mover, i cui cantieri sono aperti dal 2015.